De F.IX-M of F-39 is een bommenwerper/transport variant van de civiele F.IX. De F.IX-M is alleen in licentie is gebouwd bij het Tsjechische AVIA en F-39 is de aanduiding van de Tsjechische luchtmacht voor dit type. Van de ongeveer 18 gebouwde toestellen zijn er ook een aantal aan het Joegoslavische leger geleverd. De F-39 was op een aantal punten door AVIA behoorlijk aangepast. De meeste F-39’s hadden onder de romp één of twee geschutskoepels, in de voorste koepel kon iemand plaatsnemen om het geschut te bedienen. Minstens twee F-39’s zijn bij de Duitse Luftwaffe terechtgekomen.